L'U3E est une unité expérimentale INRAE rattachée au département ECODIV (Écologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques).
Elle constitue un support aux recherches menées sur les écosystèmes aquatiques. Ses travaux s'effectuent dans le cadre d’infrastructures nationales de recherche :
Par ses activités, l’originalité de ses outils et ses compétences élargies (écologie et dynamique des populations, écotoxicologie et qualité des écosystèmes aquatiques, aquaculture), l'U3E intervient dans des programmes interdisciplinaires faisant appel à des organismes de recherche français et étrangers.